...
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.2.1 | bioinfo/bwa-mem2 |
Primjer skripte za opis poslova:
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash #$ -N bwa-mem2_indeksiranje #$ -cwd #$ -pe p28-mpisingle 2 #$ -l memory=35 module load bioinfo/bwa-mem2/2.2.2 1 bwa-mem2 index human_g1k_v37.fasta |
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#$ -N bwa-mem2
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 16
module load bioinfo/bwa-mem2/2.2.1
bwa-mem2 mem -t $NSLOTS human_g1k_v37.fasta human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d3_align.sam |
...