Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|
| 1.15.1 | bioinfo/bcftools |
Primjer skripte za opis poslova:
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | bcftools.sge |
|---|
|
#!/bin/bash
#$ -N bcftools
#$ -cwd
#$ -q a16.q
module load bioinfo/bcftools/1.15.1
bcftools roh -G30 --AF-dflt 0.4 file.vcf |
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | Podnošenje posla |
|---|
|
qsub bcftools.sge |
Instalacija
Preduvjeti za instalaciju: htslib
Instalacija:
- Compile je izveden sa intel/2020
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | 1.Instalacija htslib |
|---|
|
module load intel/2020
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.15.1/htslib-1.15.1.tar.bz2
bzip2 -d htslib-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf htslib-1.15.1.tar
./configure --prefix=/home/mhrzenja/ni4os/htslib/1.15.1 CC=cc with-libdeflate
make
make install |
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | 2.Instalacija bcftools |
|---|
|
module load intel/2020
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.15.1/bcftools-1.15.1.tar.bz2
bzip2 -d bcftools-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf bcftools-1.15.1.tar
./configure prefix=/home/mhrzenja/ni4os/bcftools/1.15.1 CC=cc --with-htslib=/home/mhrzenja/ni4os/htslib/1.15.1
make
make install |