...
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 3.697 | phylip/3.697 |
Primjer korištenja sa SGE:
Phylip-ovi alati koriste ineraktivne opcije, tako da se prije svakog podnošenja posla mora se definirati koje opcije će se promijeniti, svaka ima svoje inicijalne postavke. Mogu se i provjeriti prilikom pokretanja lokalno.Popis alata i opcija: https://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/primijeniti. Svaki od alata ima posebno definirane opcije, najčešće korištene opcije su izlistane na stranicama aplikacije, dok je za pojedini program potrebno pogledati odgovarajuću stranicu potprograma.
Potpuna dokumentacija dostupna je na mrežnim stranicama aplikacije
Primjer je izvršen s consense alatom i sa s testdata podacima iz http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.698.zip, nije bilo testdata direktorija u linux verziji.
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
cd testdata/consense |
...
sed -i '1i O\nR\nY' consenseintree.txt #proslijeđujemo parametre koje želimo izmjeniti u datoteku, Y je obavezno na kraju |
...
sed -i '1i consenseintree.txt' consenseintree.txt #proslijeđujemo ime datoteke u datoteku koje želimo da se odvrti |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/sh |
...
#$ -N phylip-consense-teran |
...
#$ -cwd |
...
...
# load program environment |
...
module load phylip/3.697 |
...
...
# run the program |
...
consense < consenseintree.txt |
| Napomena: ako koristite istu naredbu u istom direktoriju, obrišite ili premjestite out* datoteke u drugi direktorij. |
|---|
Instalacija je izvršena sa s prevoditeljem intel/2020. Instalirano je lokalno, kasnije prebačeno u /apps/bioinfo.
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz |
...
module load intel/2020 cd phylip-3.697 |
...
mv Makefile.unx Makefile |
...
make install CC=icc EXEDIR=/home/mhrzenja/apps/phylip/3.697 |