Page History

Gromacs verzija 5.1.4 zahtijeva parametar "-nice 0", kod novijih verzija taj parametar nije potreban.

Ukoliko neki od novijih CPU Gromacs module-a:

• gromacs/2020.6
• gromacs/2021.4-mvapich22

koristite u *mpisingle paralelnom okruženju, broj jezgri zadajete korištenjem zastavice -ntomp:

#$ -pe *mpisingle 8

module load gromacs/2021.4-mvapich22
gmx mdrun -ntomp $NSLOTS -v -c conf30.gro -s topol30.tpr -px pullx30.xvg -pf pullf30.xvg -g md30.log -e ener30.edr -x traj30.xtc -cpi state.cpt -append