Dostupne verzije
...
verzija | modul | redovi |
---|
7.0 | cp2k/7.0-openmpi-x86_64 |
Korištenje:
...
p28* |
8.2.0 | cp2k/8.2.0 | p28*, a16* |
Primjeri korištenja
Verzija 7.0
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | Primjer skripte |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#$ -N cp2k_test
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpi 2
module load cp2k/7.0-openmpi-x86_64
mpirun -n $NSLOTS cp2k.popt -i Si_bulk8.inp -o Si_bulk8.out |
...
Detaljnije upute o korištenju programa cp2k nalaze se na njihovim mrežnim stranicama.
Verzija 8.2.0
Ispod je opisan primjer podnošenja posla za jedan od službenih cp2k predložaka (H20-64)
Opisana skripta će:
- Podnijeti posao pod imenom H20-64-benchmark i izvršiti ga u istom direktoriju
- Izabrati paralelnu okolinu a16-mpi s 4 jezgre
- Za svaki proces (4) zatražiti maksimalno 3 GB memorije (sveukupno 12 GB)
- Postaviti varijable okoline:
- OMP_NUM_THREADS = 1 (jednodretveno izvršavanje po jezgri)
- OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib = 1 (Infiniband)
- OMPI_MCA_orte_base_help_aggregate=0 (onemogućavanje združivanja poruka o pogreškama)
- Potjerati izvršnu datoteku cp2k.psmp:
- koristeći zatraženi broj jezgara pomoću $NSLOTS
- koristeći ulaznu datoteku H20-64.inp
- koristeći H2O-64.out datoteku za izlaz
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | H2O-64-benchmark.sge |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#$ -N H20-64-benchmark
#$ -cwd
#$ -pe a16-mpi 4
#$ -l memory=3
# set environment
module load cp2k/8.2.0
export OMP_NUM_THREADS=1
export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1
export OMPI_MCA_orte_base_help_aggregate=0
# run H2O-64 benchmark
mpirun -np $NSLOTS cp2k.psmp -i H2O-64.inp -o H2O-64.out |
Performanse
Za testiranje brzine izvođenja programa, koriste se predlošci sa cp2k stranice:
Testiranje se odvijalo u konfiguracijama:
- verzija: 8.2.0
- redovi: a16, p28
- paralelne okoline: *mpi, *mpisingle
- broj jezgara: 1 - 256
Note |
---|
title | Broj jezgri i vrijeme izvršavanja |
---|
|
U p28 redu, pri manjem broju jezgara (2 - 16) poslovi se prekidaju radi prekoračenja vremenskog ograničenja (7 dana) u nekim od predložaka (npr. H20-64-RI-MP2) |
Warning |
---|
title | Ograničavanje memorije |
---|
|
Dobra praksa je ograničiti količinu memorije koju cp2k koristi, jer u protivnom može doći do: - prekoračenja dostupne memorije, koja uzrokuje prijevremeno zaustavljanje programa
- usporavanja aplikacija ostalih korisnika na istom čvoru
Načini na koji se to može ostvariti: - definicijom traženog resursa u zaglavlju SGE skripte (pomoću parametra #$ -l memory=<količina GB po procesu>)
- definicijom odgovarajućeg parametra u ulaznoj datoteci (npr. MAX_MEMORY u predlošcima H20-64-RI-MP2 i LiH-HFX)
|
H2O-64
Image Added
Fayalite-FIST
Image Added
LiH-HFX
Image Added
H2O-DFT-LS
Image Added
H2O-64-RI-MP2
Anchor |
---|
| H20-64-RI-MP2 |
---|
| H20-64-RI-MP2 |
---|
|
Image Added