...
Code Block |
---|
|
#$ -N alphafold2
#$ -pe gpu 1
#$ -cwd
module load bioinfo/alphafold2/2.0.1
GPUDEVICE=$(cat $TMPDIR/gpu)
run_alphafold.sh -d $ALPHAFOLDDB -o dummy_test -m model_1 -f example/query.fasta -t 2020-05-10 -a $GPUDEVICE |
Tip |
---|
|
Aplikacija je instalirana i konfigurirana u Python virtualnom okruženju kojeg korisnik može proširiti sa svojim proizvoljnim Python aplikacijama. Nakon učitavanja modula, korisnik dodatne aplikacije instalira s: Code Block |
---|
conda create --prefix $LOCALPKGS python=3.8
conda install --prefix $LOCALPKGS potrebni-python-pkg |
|
Instalacija
Aplikacija je pripremljena koristeći miniforge
Conda installer slijedeći upute s: https://github.com/kalininalab/alphafold_non_docker
...