...
Verzija | Modul |
---|---|
6.2 | xtb/6.2 |
6.2.2 | xtb/6.2.2 |
6.3.3 | xtb/vsmp |
Primjer korištenja
Code Block |
---|
module load xtb/*verzija* |
...
Warning | ||
---|---|---|
Ukoliko želite aplikaciju izvoditi paralelno, nakon gore spomenute naredbe, u skriptu za opis posla OBAVEZNO je navesti i parametre:
|
U slučaju da neki od dijelova zahtjeva više memorije, program je moguće pokrenuti na ScaleMP vSMP čvoru.
Korištenje paketa na ScaleMP vSMP čvoru
Za korištenje XTB paketa na ScaleMP vSMP čvoru pripremljen je poseban modul xtb/vsmp. Osim XTB programa kroz modul je moguće pokretati programe enso.py, crest i anmr.
Pokretanje XTB programa
Za pokretanje programa, potrebno je imati datoteku u formatu:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
20 C 2.081440 0.615100 -0.508430 C 2.742230 1.824030 -1.200820 N 4.117790 1.799870 -1.190410 C 4.943570 2.827040 -1.822060 C 6.440080 2.569360 -1.637600 O 7.351600 3.252270 -2.069090 N 0.610100 0.695090 -0.538780 O 2.095560 2.724940 -1.739670 O 6.705220 1.463410 -0.897460 H 0.303080 1.426060 0.103770 H 0.338420 1.050680 -1.460480 C 2.488753 -0.593400 -1.198448 H 2.416500 0.557400 0.532050 H 4.614100 1.081980 -0.670550 H 4.699850 3.794460 -1.373720 H 4.722890 2.844690 -2.894180 H 7.687400 1.448620 -0.860340 H 2.029201 -1.457008 -0.719999 H 2.170233 -0.542411 -2.238576 H 3.572730 -0.688405 -1.154998 |
primjer skripte za pokretanje posla:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#$ -N xtb_job
#$ -cwd
#$ -pe vsmp 2
#$ -j y
module load xtb/vsmp
# Setting stacksize to unlimited
ulimit -s unlimited
#Use RAM as scratch
export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR"
export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS)
taskset -c $CORES xtb -P $NSLOTS struc.xyz
|
Pokretanje CREST programa
Prije nego se pokrene posao koji koristi crest program, nužno je izvesti slijedeće naredbe u direktoriju u kojem će se pokrenuti skripta za posao:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
module load xtb/vsmp
set_crest_at puna_adresa_direktorija_u_kojem_ce_se_izvoditi_program_crest_i_enso |
Program set_crest_at
doprema program crest u zadani direktorij (npr. /home/korisnik/analiza), ako direktorij ne postoji program će ga sam napraviti i spremiti datoteke u njega. Osim programa crest dopremaju se i .ensorc
i flags.dat
datoteke koje su nužne za korištenje enso.py programa.
Ako se set_crest_at
ne zada adresa, program će dopremiti datoteke u direktorij u kojem je on pokrenut. Taj direktorij se automatski upisuje u .ensorc datoteku.
O programu crest i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#$ -N crest_job
#$ -cwd
#$ -pe vsmp 2
#$ -j y
module load xtb/vsmp
# Setting stacksize to unlimited
ulimit -s unlimited
#Use RAM as scratch
export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR"
export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS)
taskset -c $CORES crest_run struc.xyz -T $NSLOTS -gfn2 -g chcl3 -nmr |
Dio koda -T $NSLOTS
nužan je kako bi se program pokretao na broju jezgara koji je tražen, a sve nakon njega su primjeri opcija samog programa.
Pokretanje ENSO programa
Enso program ima određene zahtjeve kako bi se mogao uspješno izvršiti, a dva su postojanje datoteka .ensorc i flags.dat. Obje datoteke služe za podešavanje parametara i opcija programa enso. U programu .ensorc upisane su lokacije svih potprograma koje zahtjeva enso. Jedan od njih je i crest, a njegova lokacija je upisana pokretanjem programa set_crest_at
. Ako se skripta za izvođenje posla programa enso ne izvodi u direktoriju u kojem se nalazi crest i ako to nije isti direktorij upisan u .ensorc doći će do neuspješnog izvođenja posla!!!
Prije pokretanja pravog posla, savjetuje se pokretanje programa s opcijom --checkinput
kako bi se provjerili svi uvjeti za izvođenje programa
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#$ -N enso_job
#$ -cwd
#$ -pe vsmp 2
#$ -j y
module load xtb/vsmp
# Setting stacksize to unlimited
ulimit -s unlimited
#Use RAM as scratch
export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR"
export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS)
taskset -c $CORES enso --checkinput |
Nakon uspješne provjere posao se pokreće tako da se umjesto --checkinput
upiše --run
opcija.
O programu enso i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.
Pokretanje ANMR programa
Anmr program moguće je izvesti nakon uspješnog izvođenja programa crest (s uključenom opcijom -nmr), te uspješnog izvođenja programa enso.
Za razliku od xtb, crest i enso programa, anrm nije moguće izvesti na ScaleMP vSMP čvoru već se on pokreče na bilo kojem drugom čvoru.
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#$ -N anmr_job
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 2
#$ -j y
module load xtb/vsmp
ulimit -s unlimited
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1
anmr --mss 10 |
Savjetuje se zadržavanje parametra --mss 10
ili manje zbog mogućeg problema s količinom memorije.
O programu anmr i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.