Korištenje
Preduvjet za instalaciju jest instalacija biblioteke Q6 s kojom aplikacija ima bitno bolje performanse. Instalacija biblioteke je izvršena s kompajlerom za AMD-ovu arhitekturu:
Na klasteru su instalirani svi pomoćni moduli programskog paketa Q6 u serijskoj i paralelnoj izvedbi - Qcalc6 Qdum6 Qdyn6 Qfep6 Qpi6 Qprep6 Qpi6p Qdyn6p.
Dostupne verzije su:
| Verzija | Modul |
|---|
| 6.0.16 | Q6/6.0.16 |
| Code Block |
|---|
|
#!/bin/bash
#$ -N q6-parallel
#$ -pe *mpi 14
#$ -q p28.q
#$ -cwd
|
| Code Block |
|---|
| title | Postupak preuzimanja aplikacije |
|---|
|
#naredba kreira novi direktorij Q6 na trenutnoj lokaciji sa pripadajućim reopozitorijima
git clone https://www.github.com/qusers/Q6.git
#pozicioniranje u "src" poddirekotrij, pokretanje naredbe "make" radi pregleda dostupnih programa prevoditelja
cd Q6/src/
make
# load program environment-a
module load Q6/6.0.16
# run kompajliranjethe programa
make all COMP=aocc
make mpi COMP=aocc |
Dostupne verzije su:
...
Primjer korištenja
program
mpirun -np $NSLOTS Qdyn6p eq1.inp > eq1.log
|
Instalacija
Programski paket Q6 je pripremljen s kompajlerom Intel 2019 i MPI implementacijom OpenMPI 3.0.0. Instalacija je obavljena dopremanjem izvornog koda, učitavanjem potrebnih modula za kompajler i MPI te kompajliranjem samog paketa.
| Code Block |
|---|
| title | Dopremanje izvornog koda i kompajliranje |
|---|
|
git clone https://www.github.com/qusers/Q6.git
cd Q6/src/
module load intel/2019
module load mpi/openmpi3-intel-x86_64
make all COMP=ifort
make mpi COMP=ifort |
| Code Block |
|---|
|
#!/bin/bash
#$ -pe p28-mpi 14
#$ -cwd
#$ -j y
#load program environment
module load Q6/6.0.16
#run the program
./run_eq.sh $NSLOTS
|