...
| Warning | ||
|---|---|---|
| ||
Aplikacija u MPI izvedbi se mora pozivati s mvapich-wrapper.sh! |
Korištenje više procesorskih jezgri
Ukoliko je potrebno, moguće je zatražiti više procesorkih jezgri, korištenjem atributa cores.
BITNO:
navedeni broj se odnosi na broj procesorskih jezgri po zahtijevanom grafičkom procesoru
Primjeri korištenja višedretvene verzije:
| Code Block |
|---|
#$ -N gromacs-cpugpu
#$ -pe gpusingle 2
#$ -l cores=9
#$ -cwd
module load gromacs/2018.4-gpu
cuda-wrapper-nopin.sh gmx mdrun -ntmpi $NSLOTS -ntomp 9 -v -s topol32.tpr -x traj.xtc -cpi state.cpt -append -c conf32.gro |
| Code Block |
|---|
#$ -N gromacs-cpugpu
#$ -pe gpusingle 3
#$ -l cores=6
#$ -cwd
module load gromacs/2018.4-gpu
cuda-wrapper-nopin.sh gmx mdrun -ntmpi $NSLOTS -ntomp 6 -v -s topol32.tpr -x traj.xtc -cpi state.cpt -append -c conf32.gro |
Primjer korištenja MPI verzije:
| Code Block |
|---|
#$ -N gromacs-cpugpu
#$ -pe gpu 3
#$ -l cores=6
#$ -cwd
module load gromacs/2018.4-mvapich22-gpu
mvapich-wrapper-nopin.sh gmx mdrun -ntomp 6 -v -s topol32.tpr -x traj.xtc -cpi state.cpt -append -c conf32.gro |
Instalacija
CPU
Višedretvena verzija Gromacsa je prevedena s Intel 2019 i parametrima:
...