...
Paralelne izvedbe Amber poslova:
| Code Block |
|---|
| title | amber-cpu-parallel.sge |
|---|
|
#$ -N amber-cpu-parallel
#$ -q p28.q
#$ -pe *mpi 14
#$ -cwd
module load amber/16
mpirun -np $NSLOTS pmemd.MPI -O -i MD.in -o MDp.out -p ionic_gelator.prmtop -c HEAT.rst -r MDp.rst -x MDp.mdcrd -inf MD.info |
| Code Block |
|---|
| title | amber-cpu-parallel.sge |
|---|
|
#$ -N amber-cpu-parallel
#$ -q p28.q
#$ -pe *mpi 14
#$ -cwd
module load amber/16
mpirun -np $NSLOTS MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o rezultat.dat -sp ionicbox_C5_BF4.prmtop -cp com.top -rp rec.top -lp lig.top -y MD.mdcrd |
...
Serijska izvedba Amber poslova:
| Code Block |
|---|
| title | amber-gpu-serial.sge |
|---|
|
#$ -N amber-gpu-serial
#$ -pe gpu 1
#$ -cwd
module load amber/16-gpu
cuda-wrapper.sh pmemd.cuda -O -i MD.in -o MD_8.out -p ionic_gelator.prmtop -c MD_7.rst -r MD_8.rst -x MD_8.mdcrd -inf MD_8.info |
...
Paralelna izvedba Amber poslova:
| Code Block |
|---|
| title | amber-gpu-parallel.sge |
|---|
|
#$ -N amber-gpu-parallel
#$ -pe gpusingle 2
#$ -cwd
module load amber/16-gpu
mvapich-wrapper.sh pmemd.cuda.MPI -O -i MD.in -o MD_1.out -p ionic.prmtop -c MD.rst -r MD_1.rst -x MD_1.mdcrd -inf MD_1.info |
...