...
| Code Block |
|---|
amber16# source amber.sh amber16# module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 amber16# ./configure -rism -mpi -noX11 --with-pnetcdf /apps/PnetCDF --with-python /usr/bin/python --python-install local intel amber16# make -j8 |
Dostupne verzije:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 16 | amber/16 |
Primjeri korištenja
Paralelne izvedbe Amber poslova:
...
| Code Block |
|---|
amber16# module load mpi/mvapich2-intel2017-cuda90-2.2-x86_64 amber16# ./configure -cuda -mpi --with-pnetcdf /apps/PnetCDF intel |
Dostupne verzije:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 16 | amber/16-gpu |
Primjeri korištenja
Serijska izvedba Amber poslova:
...
| Code Block |
|---|
#$ -N amber-gpu #$ -pe gpusingle 2 #$ -cwd module load amber/16-gpu mvapich-wrapper.sh pmemd.cuda.MPI -O -i MD.in -o MD_1.out -p ionic.prmtop -c MD.rst -r MD_1.rst -x MD_1.mdcrd -inf MD_1.info |
| Warning | ||
|---|---|---|
| ||
Aplikacija (pmemd.cuda.MPI) u paralelnoj izvedbi se mora pozivati s mvapich-wrapper.sh! |
...