...
BEAST je višeplatformski program za Bayesovu analizu molekularnih sekvenci pomoću MCMC-a. U potpunosti je orijentiran na ukorijenjene, vremenski mjerene filogenije izvedene korištenjem strogih ili opuštenih modela molekularnog sata. Može se koristiti kao metoda rekonstrukcije filogenije, ali je i okvir za testiranje evolucijskih hipoteza bez uvjetovanja topologijom jednog stabla. BEAST koristi MCMC za prosjek prostora stabla, tako da je svako stablo ponderirano proporcionalno svojoj posteriornoj vjerojatnosti. Uključujemo program jednostavnog korisničkog sučelja za postavljanje standardnih analiza i niz programa za analizu rezultata.
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
2.7.1(ORC v1.1.1, starbeast3 v1.1.3, BEASTLabs v2.0.0) | scientific/beast2/2.7.1-cpu |  |  |
2.7.1(ORC v1.1.1, starbeast3 v1.1.3, BEASTLabs v2.0.0) | scientific/beast2/2.7.1-gpu | | |
Službena dokumentacija
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -N beast-cpu #PBS -l select=1:ncpus=16:mem=16GB #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/beast2/2.7.1-cpu beast -beagle_CPU -beagle_SSE -threads $NCPUS testESB.xml |
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -N beast-gpu #PBS -l select=1:ngpus=1:mem=10GB #PBS -q gpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/beast2/2.7.1-gpu beast -beagle_GPU testESB.xml |