Opis
HyPhy (Testiranje hipoteza pomoću filogenije) softverski je paket otvorenog koda za analizu genetskih sekvenci (osobito zaključivanje prirodne selekcije) korištenjem tehnika filogenetike, molekularne evolucije i strojnog učenja. Sadrži bogat skriptni jezik za neograničenu prilagodbu analiza. Dodatno, HyPhy ima podršku za paralelna računalna okruženja (putem sučelja za prosljeđivanje poruka).
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 2.5.62 | scientific/hyphy/2.5.62 |  |  |
Dokumentacija
- https://hyphy.org/about/
- https://github.com/veg/hyphy
- Benchmarks: https://observablehq.com/@stevenweaver/hyphy-benchmarks-and-profiling
Primjer korištenja
- Ovisno o korištenom toolu u hyphy, potrebno je prilagoditi broj cpu-a za optimalno korištenje, neki od primjera su navedeni dolje
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -N hyphy-meme
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=10:mem=20GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/hyphy/2.5.62
hyphy CPU=$NCPUS meme --alignment data/adh.nex --code Universal --output out/adh.MEME.json |
- Ovisno o tome koji se alat unutar hyphy-a koristi, potrebno je procijeniti broj cpu-ova za optimalno izvođenje. Neki od primjera su niže navedeni.
...