...
Bionano Solve je skup alata za analizu Bionano podataka (generiranih od Saphyr i Irys)
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 3.8.2 | scientific/bionano-solve/3.8.2 |  |  |
Dokumentacija
Bionano solve se sastoji od mnoštvo skripti i izvršnih datoteka. Sadržaj nekih je opisan niže.
...
- Odabir cpu-a i mem proizvoljno, ovisi o skripti
- Bionano koristi python3.7 tako da pri izvršavanju python skripti je potrebno napisati specifičnu tu verziju
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N bionano-test #PBS -l select=1:ncpus=12:mem=20GB #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/bionano-solve/3.8.2 bionano.sh RefAligner -i autoNoise1_rescaled.bnx -randomize 1 -subset 1 15000000 -merge -o output -bnx -maxthreads $NCPUS -maxmem 20 |
...