...
Bionano Solve je skup alata za analizu Bionano podataka (generiranih od Saphyr i Irys)
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|
| 3.8.2 | scientific/ |
BionanoSolve| bionano-solve/3.8.2 |  |  |
Dokumentacija
Bionano solve se sastoji od mnoštvo skripti i izvršnih datoteka. Sadržaj nekih je opisan niže.
Popis direktorija u putanji /tools/pipeline/1.0/
...
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | $PATH izvršne datoteke |
|---|
| collapse | true |
|---|
|
checkMPS.sh
clusterArguments_Graphite.xml
clusterArguments_Titanium.xml
compressPipeline.sh
filter_SNR_dynamic.pl
irys_db_tool.R
runDenovo
run_aws
runpipe
variant_clustering
Assembler
RefAligner
ColorSplit.pl
MQR.pl
V3_Cohort_QC.pl
demultiplex.sh
filter_SNR_dynamic.pl |
Primjer
- Odabir cpu-a i mem proizvoljno, ovisi o skripti
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | RefAligner |
|---|
|
#PBS -N bionano-test
#PBS -l select=1:ncpus=12:mem=20GB
#PBS -q cpu
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/bionano-solve/3.8.2
bionano.sh RefAligner -i autoNoise1_rescaled.bnx -randomize 1 -subset 1 15000000 -merge -o output -bnx -maxthreads $NCPUS -maxmem 20 |
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | filter_SNR_dynamic |
|---|
|
#PBS -N bionano-test
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=8GB
#PBS -q cpu
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/bionano-solve/3.8.2
bionano.sh filter_SNR_dynamic.pl -i autoNoise1_rescaled.bnx -o output_filter_SNR |
| Warning |
|---|
|
Ako postoji opcija odabira dretvi u skripti, moguće da će biti različiti, stoga je potrebno provjeriti u dokumentaciji i/ili u samom -help/priručniku skripte npr.
module load scientific/bionano-solve/3.8.2
bionano.sh RefAligner -help
|
