Opis
Samtools je paket aplikacija za obradu podataka sekvenciranja visoke propusnosti:
- samtools se koristi za rad sa SAM, BAM i CRAM datotekama koje sadrže usklađene sekvence. Također se može koristiti za indeksiranje datoteka fasta.
- bgzip komprimirane datoteke mogu se dekomprimirati pomoću gunzipa. Međutim, oni se zapravo sastoje od određenog broja komprimiranih blokova što olakšava indeksiranje i nasumični pristup.
- tabix se koristi za indeksiranje bgzip komprimiranih tabličnih podataka. Može stvoriti indekse formata .tbi i .csi.
- wgsim se koristi za simulaciju NGS čitanja. razni pomoćni programi za pretvorbu (bowtie2sam, novo2sam, blast2sam, psl2sam, ...)
- htslib je biblioteka za čitanje i pisanje gore spomenutih formata. samtools i bcftools temelje se na htslibu Svaki od glavnih alata i formata datoteka ima vlastite stranice priručnika (npr. man samtools ili man sam).
Verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|
1.17 | scientific/samtools/1.17 | | |
1.18 | scientific/samtools/1.18 | | |
Dokumentacija
Primjer korištenja
SUPEK
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Midnight |
---|
title | samtools.pbs |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -N samtools_threading
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=20:mem=20GB
module load scientific/samtools/1.17
cd $PBS_O_WORKDIR
samtools sort -@ $NCPUS P3TLH.bam |
PADOBRAN
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Midnight |
---|
title | samtools.pbs |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -N samtools_threading
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=20:mem=20GB
module load scientific/samtools/1.18
cd $PBS_O_WORKDIR
samtools.sh samtools sort -@ $NCPUS P3TLH.bam |