Versions Compared
compared with
Key
- This line was added.
- This line was removed.
- Formatting was changed.
Opis
Panel | ||
---|---|---|
| ||
Corset je softverski program naredbenog retka za prelazak s de novo sklapanja transkriptoma na brojanje na razini gena. Naš softver uzima skup čitanja koja su višestruko mapirana na transkriptom (gdje je prijavljeno više poravnanja po čitanju) i hijerarhijski grupira transkripte na temelju udjela zajedničkih čitanja i obrazaca izražavanja. Izvijestit će o klasterima i brojevima na razini gena za svaki uzorak, koji se lako testiraju na diferencijalnu ekspresiju pomoću alata koji se temelje na brojanju kao što su edgeR i DESeq. |
Dostupne verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
1.18 | scientific/bcftools/1.18 |
Službena dokumentacija
Primjer
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash #PBS -N corset-test #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB #PBS -q cpu_180 cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/Corset/1.07 corset.sh corset test.bam |