Opis
Stacks je softverski workflow za izgradnju lokusa iz sekvenci kratkog čitanja, poput onih generiranih na platformi Illumina. Stacks je razvijen za rad s podacima temeljenim na restrikcijskim enzimima, kao što je RAD-seq, u svrhu izgradnje genetskih mapa i provođenja populacijske genomike i filogeografije.
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Vrančić |
|---|---|---|---|
| 2.65 | scientific/STACKS/2.65 |  |  |
STACKS WORKFLOW
Primjer korištenja
| Info |
|---|
STACKS ne skallira upotrebu više od 32 dretve, stoga je potrebno ncpus opciju staviti 32. |
STACKS WORKFLOW
Primjer korištenja
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N stacks-test #PBS -l select=1:ncpus=32:mem=200GB #PBS -q cpu_180 #PBS -j oe cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/STACKS/2.65 denovo_map.pl -T $NCPUS --samples Campanula_trimmed/ --popmap CAMPANULA_POPMAP.txt -o Campanula_stacks/ -X "ustacks: -M 3 -N 5 -m 3 --disable-gapped --force-diff-len" -X "populations: --vcf --structure -p 9 -r 0.30 --max-obs-het 0.5 --write_single_snp --min_maf 0.01" -X "cstacks: -n 3" |