Table of Contents |
---|
Opis
VMD (Visual Molecular Dynamics) je računalno-kemijska aplikacija za vizualizaciju molekula i njihovih trajektorija.
Verzije
verzija | modul | podrška |
---|---|---|
1.9.3 | scientific/vmd/1.9.3 | GPU + CPU |
Službena dokumentacija
Napomene
Warning |
---|
VMD je potrebno koristiti isključivo za vizualizaciju. |
Warning |
---|
Budući da aplikacija podržava GPU ubrzanje, potrebno je pokretati je na pristupnom GPU čvoru, odnosno Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni GPU čvor uz prosljeđivanje X11. U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:
U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja. Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding). |
Primjer korištenja
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
module load scientific/vmd/1.9.3 |
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
vmd amylase_solv_ionsinput.gro |