Image Modified

Table of Contents

Opis

XCrySDen ((X-Window) CRYstalline Structures and DENsities) je računalno-kemijska aplikacija za vizualizaciju kristala i molekula.

Osim uobičajenih tipova datoteka, može učitavati i datoteke (inpute) računalno-kemijskih aplikacija poput Quantum ESPRESSO, Gaussian, ORCA i dr.

verzija	modul	podrška
1.6.2	`scientific/xcrysden/1.6.2`	CPU

Warning
XCrySDen je potrebno koristiti isključivo za vizualizaciju.

Warning

Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11.

U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:

ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-cpu.hpc.srce.hr

U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.

Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).

Code Block

language	bash
theme	Midnight

module load scientific/xcrysden/1.6.2

Code Block

language	bash
theme	Midnight

xcrysden --pw_inp calcite.in

...

Image Added