Opis
MMseqs2 (pretraživanje sekvenci many-against-many) softverski je paket za pretraživanje i grupiranje ogromnih skupova sekvenci proteina i nukleotida. MMseqs2 je softver otvorenog koda s GPL licencom implementiran u C++ za Linux, MacOS i (kao beta verzija, putem cygwina) Windows. Softver je dizajniran za rad na više jezgri i poslužitelja i pokazuje vrlo dobru skalabilnost. MMseqs2 može raditi 10000 puta brže od BLAST-a. Pri 100 puta većoj brzini postiže gotovo istu osjetljivost. Može izvršiti pretraživanje profila s istom osjetljivošću kao PSI-BLAST brzinom 400 puta većom od svoje
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Vrančić(Padobran) |
|---|---|---|---|
| 14-7e284 | scientific/MMseqs2/14-7e284 |  |  |
Primjer korištenja
Primjer je preuzet sa: https://github.com/soedinglab/MMseqs2
...