Page History

Description

Opis

Salmon je alat za brzu kvantifikaciju prijepisa iz Salmon is a tool for rapid transcript quantification from RNA-seq data. A set of target transcripts (either from a reference or podataka. Za kvantificiranje je potreban skup ciljnih prijepisa (bilo iz referentnog ili de-novo assemblysklopa) is required for quantification. All you need to run Salmon is a FASTA file containing your reference transcripts and a (set of. Sve što trebate za pokretanje Salmona je FASTA datoteka koja sadrži vaše referentne transkripte i (skup) FASTA/FASTQ filedatoteka(s) containing your reads. Optionally, Salmon can use precomputed alignments (in SAM/BAM file format) of transcripts instead of raw reads.

Salmon's mapping-based mode takes place in two phases; indexing and quantification. The indexing step is independent of reads and needs to be run only once for a given set of reference transcripts. The quantification step is obviously specific to a set of RNA-seq reads and is therefore performed more frequently.

Versions

a) koje sadrže vaša čitanja. Po izboru, Salmon može koristiti unaprijed izračunata poravnanja (u obliku SAM/BAM datoteke) transkripata umjesto sirovih čitanja.

Način Salmona koji se temelji na kartiranju odvija se u dvije faze; indeksiranje i kvantificiranje. Korak indeksiranja neovisan je o čitanjima i potrebno ga je pokrenuti samo jednom za određeni skup referentnih prijepisa. Korak kvantifikacije je očito specifičan za skup očitavanja RNA-seq i stoga se izvodi češće.

Verzije

...

Službena dokumentacija

https://salmon.readthedocs.io/en/latest/index.html

Primjer: https://combine-lab.github.io/alevin-tutorial/2019/selective-alignment/

...

Primjer

#PBS -N index
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=20

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/salmon/1.10.0

salmon index -t gentrome.fa.gz -d decoys.txt -p $NCPUS -i salmon_index --gencode

...