Opis
Salmon je alat za brzu kvantifikaciju prijepisa iz RNA-seq podataka. Za kvantificiranje je potreban skup ciljnih prijepisa (bilo iz referentnog ili de-novo sklopa). Sve što trebate za pokretanje Salmona je FASTA datoteka koja sadrži vaše referentne transkripte i (skup) FASTA/FASTQ datoteka(a) koje sadrže vaša čitanja. Po izboru, Salmon može koristiti unaprijed izračunata poravnanja (u obliku SAM/BAM datoteke) transkripata umjesto sirovih čitanja.
...