Page History

...

Način Salmona koji se temelji na kartiranju odvija se u dvije faze; indeksiranje i kvantificiranje. Korak indeksiranja neovisan je o čitanjima i potrebno ga je pokrenuti samo jednom za određeni skup referentnih prijepisa. Korak kvantifikacije je očito specifičan za skup očitavanja RNA-seq i stoga se izvodi češće.

Verzije

Službena dokumentacija

https://salmon.readthedocs.io/en/latest/index.html

...

#PBS -N index
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=20

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/salmon/1.10.0

salmon index -t gentrome.fa.gz -d decoys.txt -p $NCPUS -i salmon_index --gencode

...