Image Added
GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) je ab initio računalno-kemijska aplikacija opće namjene te posjeduje za to uobičajene QM/MM metode poput HF, DFT, GVB, MCSCF i dr.
Verzije
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Prevodioc | Knjižnice |
---|
September 30, 2022 R2 Public Release | scientific/gamess/22.09 | CPU | MPI + OpenMP | Cray | Cray |
Službena dokumentacija
Primjeri
Tip |
---|
Zbog načina kako je GAMESS osmišljen da radi, nužno je da na svakom čvoru ima jednak i paran broj MPI procesa. |
Tip |
---|
Kako bi se za svaki MPI proces dodjelila po jedna jezgra, nužno je da su vrijednosti mpiprocs i ncpus iste. Ukoliko ne koristite OpenMP nužno je postaviti ompthreads=1 . |
16 MPI procesa: 16 MPI procesa × 1 čvor
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Confluence |
---|
title | run.sge |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:mpiprocs=16:ncpus=16:ompthreads=1
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gamess/22.09
rungms.mpi input.inp |
16 MPI procesa: 4 MPI procesa × 4 čvora
Warning |
---|
Kod korištenja više čvorova, nužno je koristiti place=scatter opciju koja će svaki select, odnosno chunk smjestiti na vlastiti čvor. |
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Confluence |
---|
title | run.sge |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=4:mpiprocs=4:ncpus=4:ompthreads=1
#PBS -l place=scatter
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gamess/22.09
rungms.mpi input.inp |