Table of Contents |
---|
Opis
OpenMolcas je računalno-kemijska aplikacija temeljena na aplikaciji MOLCAS (Molecular Calculation System). Korisnicima omogućuje izvođenje/predviđanje elektronskih struktura molekula, energija, optičkih svojstava, reakcijskih mehanizama i drugog.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP.
Verzije
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Prevodioc | Knjižnice |
---|---|---|---|---|---|
23.06 | scientific/openmolcas/23.06-gnu+mkl | CPU | MPI + OpenMP | GNU | Intel MKL |
Službena dokumentacija
Primjeri
Tip |
---|
Kad u zaglavlju PBS skripte definirate vrijednost varijable |
CPU
MPI + OpenMP
Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 4 MPI procesa, podijeljenih u 4 OpenMP threada.
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=4:ncpus=4
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/openmolcas/23.06-gnu+mkl
pymolcas --nprocs $(wc -l 0<${PBS_NODEFILE}) --nthreads ${OMP_NUM_THREADS} example.input |
MPI
Ako aplikaciju ne želite dijeliti u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa.
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=4
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/openmolcas/23.06-gnu+mkl
pymolcas --nprocs $(wc -l 0<${PBS_NODEFILE}) example.input |
OpenMP
Ako aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 4 OpenMP threada.
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=4
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/openmolcas/23.06-gnu+mkl
pymolcas --nthreads ${OMP_NUM_THREADS} example.input |