Versions Compared

Old Version 6

changes.mady.by.user Marko Hrženjak

Saved on

compared with

New Version 7

changes.mady.by.user Marko Hrženjak

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Code Block
languagebash
linenumberstrue
#!/bin/bash

#PBS -N gatk4-HTcaller
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=21:mem=10GB

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/gatk4/4.4.0.0

gatk --java-options "-Xmx10G" HaplotypeCaller -R reference.fasta -I input.bam -O output.vcf

...

Tip

S obzirom da veliki broj alata nema mogućnost kontrole broja jezgara koji se koristi, poslovi se šalju kao serijski. Kod korištenja alata koji imaju mogućnost korištenja više dretvi ili više jezgara bitno je navoditi da se koristi jednak broj jezgara koji je i tražen u skripti za podnošenje poslova($NSLOTS$NCPUS).