...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/sh #$ -N EUkulele_run #$ -pe *mpisingle 10 #$ -cwd #$ -R y module load bioinfo/EUkulele/12.0.2 6 EUKulele --sample_dir samples_MAGs -m mags --database mmetsp --tax_tableconfig curr_config |
Konfiguracijska skripta:
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
alignment_choice: diamond subroutine: all database: mmetsp mets_or_mags: mags nucleotide_extension: .fna original_tax_table: taxonomy-table.txt original_taxonomy: --taxonomy-table.txt output: out protein_extension: .faa -- protein_map: prot-map.json -- ref_fasta: reference.pep.fa -- reference reference --CPUs $NSLOTS : ref_dir samples: sample_MAGs CPUs: 2 no_busco: 1 |
| Info |
|---|
Korištenje EUKulele iskljičivo sa skriptom, komanda linija ne prenosi argumente za CPU pravilno. Busco verzija je nekompatibilna sa radom 2.0.6 EUKulele stoga se koristi no_busco: 1 argument. Odabrana baza će se automatski skinuti ako ne postoji u lokalno direktorij, stoga nakon korištenja se treba obrisati zbog veće količine podataka. |