...
| Info |
|---|
Ovaj primjer se odnosi bez konfiguracijskih datoteka, tj bez korištenja nextflow flag-a u komandi. Bez korištenja parametara posao se svojevoljno širi po čvoru i zauzima koliko može resursa, stoga kada dođu na red veliki memorijski procesi oko 20-30% poslova faila jer ostanu bez dostupne memorije. Stoga je potrebno ograničiti broj poslova --chn i --cjn. Pošto u primjeru zahtjevamo manje resursa brže se dođe na red. Treba pripaziti sa ovom opcijom da ne zadamo previše poslova jer će program ometati druge korisnike. U ovom primjeru 2 big mem posla su zauzela po 8-10 GB radne memorije stoga dajemo 2x15=30GB da se zauzme. |
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/sh #$ -N tg #$ -pe p28-mpisingle 2 #$ -cwd #$ -R y #$ -l memory=15 module load bioinfo/TOGA/1.1.2 toga.py test_input/hg38.mm10.chr11.chain test_input/hg38.genCode27.chr11.bed hg38.2bit mm10.2bit --kt --pn test -i supply/hg38.wgEncodeGencodeCompV34.isoforms.txt --chn $NSLOTS --cjn $NSLOTS --u12 supply/hg38.U12sites.tsv --ms |
...
Instalacija:
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#Stvaranje conda env za TOGA deps conda create -p /apps/virtenv/TOGA/cenv conda activate /apps/virtenv/TOGA/cenv conda install -c bioconda nextflow #Instaliravanje TOGA programa git clone https://github.com/hillerlab/TOGA.git mv TOGA/ 1.1.2/ cd 1.1.2 pip install -r requirements.txt module load gcc/9 ./configure.sh |
...