...
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Emacs |
|---|
| title | call_cesar_config_template.nf |
|---|
|
process.executor = "local"
process.penv = "p28"
process.time = "24h"
procesor.cpus = 2
process.memory = "6GB4GB" |
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Emacs |
|---|
| title | extract_chain_features_config.nf |
|---|
|
process.executor = "local"
process.penv = "p28"
process.cpus = 2 #dajemo 2 dretve po poslu, brzo se izvode stoga je u redu dati po 2 threada na 100 poslova |
...
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Emacs |
|---|
| title | cesar_bigmem_config.nf |
|---|
|
#Dajemo 2 dretve po poslu i 6GB4GB memorije
process.executor = "local"
process.penv = "p28"
process.memory = "4GB"
executor.cpus = 2 |
Vrijeme trajanja ovog primjera posla:
| Code Block |
|---|
|
start_time Wed May 3 16:10:31 2023
end_time Wed May 3 18:48:48 2023 |
Primjer posla bez --nc(bez nextflowa):
| Info |
|---|
Ovaj primjer se odnosi bez konfiguracijskih datoteka, tj bez korištenja nextflow flag-a u komandi. Bez korištenja parametara posao se svojevoljno širi po čvoru i zauzima koliko može resursa, stoga kada dođu na red veliki memorijski procesi oko 20-30% poslova faila jer ostanu bez dostupne memorije. Stoga je potrebno ograničiti broj poslova --chn i --cjn. Pošto u primjeru zahtjevamo manje resursa brže se dođe na red. Treba pripaziti sa ovom opcijom da ne zadamo previše poslova jer će program ometati druge korisnike. U ovom primjeru 2 big mem posla su zauzela po 8-10 GB radne memorije stoga dajemo 2x15=30GB da se zauzme. |
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | TOGA_no_nextflow.sge |
|---|
|
#!/bin/sh
#$ -N tg
#$ -pe p28-mpisingle 2
#$ -cwd
#$ -R y
#$ -l memory=15
module load bioinfo/TOGA/1.1.2
toga.py test_input/hg38.mm10.chr11.chain test_input/hg38.genCode27.chr11.bed hg38.2bit mm10.2bit --kt --pn test -i supply/hg38.wgEncodeGencodeCompV34.isoforms.txt --chn $NSLOTS --cjn $NSLOTS --u12 supply/hg38.U12sites.tsv --ms |
Vrijeme trajanja ovog primjera posla:
Instalacija:
| Code Block |
|---|
|
#Stvaranje conda env za TOGA deps
conda create -p /apps/virtenv/TOGA/cenv
conda activate /apps/virtenv/TOGA/cenv
conda install -c bioconda nextflow
#Instaliravanje TOGA programa
git clone https://github.com/hillerlab/TOGA.git
mv TOGA/ 1.1.2/
cd 1.1.2
pip install -r requirements.txt
module load gcc/9
./configure.sh |