...
Dostupne verzije i moduli
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 1.1.2 | bioinfo/TOGA/1.1.2 |
Korištenje
| Info |
|---|
TOGA je program koji ovisno o opsegu posla i veličini gena, može biti dosta zahtjevan. |
...
| Info | ||
|---|---|---|
| ||
Preporučljivo je izvoditi TOGA na cijelom čvoru. Ovisno o broju poslova koje se da sa flagovima --chn i --cjn. U primjeru je sa --chn ili --chain_jobs_num dato 100 poslova, koji se relativno brzo izvode. Ovisno o tome koliko smo resursa dali u datoteci extract_chain_features_config.nf u direktoriju nextflow_config on će toliko koristiti. Isto se tako odnosi na --cjn ili --cesar_jobs_num koji koriste veliku količinu RAM memorije, ovisno o veličini genoma, tako da se treba paziti koliko se daje RAM-a po poslu kako ne bi prešlo dostupnu količinu memorije(inače poslovi se zruše i dobivaju se JAVA greške). Niže su objašnjeni detalji nextflow konfiguracije koju TOGA koristi kako bi se izvršavali poslovi. |
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
[mhrzenja@teran nextflow_config]$ ls -l total 2 -rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 366 Svi 3 16:09 call_cesar_config_template.nf -rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 198 Svi 3 16:10 cesar_bigmem_config.nf -rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 71 Svi 3 16:09 extract_chain_features_config.nf |
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
process.executor = "local" process.penv = "p28" process.time = "24h" procesor.cpus = 2 process.memory = "6GB" |
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
process.executor = "local" process.penv = "p28" process.cpus = 2 #dajemo 2 dretve po poslu, brzo se izvode stoga je u redu dati po 2 threada na 100 poslova |
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#Dajemo 2 dretve po poslu i 6GB memorije process.executor = "local" process.penv = "p28" process.memory = "4GB" executor.cpus = 2 |
...