EUKulele je python paket koji omogućuje brzu taksonomsku oznaku metagenomskih i metatranskriptomskih podataka korištenjem pristupa posljednjeg zajedničkog pretka (Last Common Ancestor -LCA) za usklađivanje uzoraka s referentnom bazom podataka.
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
Verzija | Modul |
---|
1.0.2 | bioinfo/EUkulele/2.0.6 |
Korištenje
Info |
---|
EUKulele po defaultu koristi sve dostupne dretve. S toga je potrebno ga staviti na cijeli čvor. Nije još razrješeno u izvornom kodu da koristi određen broj dretvi. Kad mu se zada, on svejedno zauzme sve. Postoji 2 načina pokretanja, pomoću skripte i izravnih naredbi. |
...
Code Block |
---|
|
#!/bin/sh
#$ -N EUkulele_run
#$ -pe *mpisingle 28
#$ -cwd
#$ -R y
module load bioinfo/EUkulele/1.0.2
EUKulele --config curr_config.yaml
|
Code Block |
---|
language | yml |
---|
title | curr_config.yaml |
---|
|
alignment_choice: diamond
choose_parallel: parallel
column: SOURCE_ID
consensus_cutoff: 0.75
create_tax_table: 1
cutoff: tax-cutoffs.yaml
database: mmetsp
download_reference: 0
individual_or_summary: individual
jobname: test
mets_or_mags: mags
names_to_reads: 0
nucleotide_extension: .fna
organisms:
- Phaeocystis;antarctica
original_tax_table: taxonomy-table.txt
original_taxonomy: taxonomy-table.txt
output: out
protein_extension: .faa
protein_map: protein-map.json
ref_fasta: reference-pep-trunc.pep.faa
reference: reference_DIR
force_rerun: 1
salmon_dir: 0
samples: samples_MAGs
scratch: scratch
subroutine: all
tax_table: tax-table.txt
taxonomy_organisms:
- species
transdecoder_orfsize: 100
use_salmon_counts: 0 |
...