Versions Compared

Old Version 1

changes.mady.by.user Marko Kvakić

Saved on

compared with

New Version 2

changes.mady.by.user Marko Kvakić

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Ispod je opisan primjer podnošenja posla za jedan od službenih cp2k predložaka (H20-64)Skripte su:

  • H20-64.inp - ulazni podaci
  • H20-64.sh - skripta sustava PBS

...

Code Block
titleH2O-64.sh
linenumberstrue
collapsetrue
#!/bin/bash

#PBS -q cray_cpu
#PBS -l select=4:ncpus=8:mem=10GB
#PBS -l place=scatter
#PBS -l walltime=1000
#PBS -o output/
#PBS -e output/

module load cray-pals
module load scientific/cp2k/2022.1-gnu

cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec -n 4 cp2k.psmp -i H2O-64.inp

Napomena

Tip

cp2k u sebi sadrži dva nivoa paralelizacije:

  • MPI - broj rangova procesa
  • OMP - broj threadova po procesu

Pri podnošenju poslova i traženju resursa, sintaksa koja će osigurati ispravnu raspodjelu resursa je:

Code Block
...
#PBS -l select=<broj_MPI_procesa>:ncpus=<broj_OMP_procesa>
...
mpiexec -np <broj_MPI_procesa> cp2k.psmp ...

Jer će  ovim načinom sustav PBS automatski definirati varijablu okoliša OMP_NUM_THREADS