...
- samtools se koristi za rad sa SAM, BAM i CRAM datotekama koje sadrže usklađene sekvence. Također se može koristiti za indeksiranje datoteka fasta.
- bgzip komprimirane datoteke mogu se dekomprimirati pomoću gunzipa. Međutim, oni se zapravo sastoje od određenog broja komprimiranih blokova što olakšava indeksiranje i nasumični pristup.
- tabix se koristi za indeksiranje bgzip komprimiranih tabličnih podataka. Može stvoriti indekse formata .tbi i .csi.
- wgsim se koristi za simulaciju NGS čitanja. razni pomoćni programi za pretvorbu (bowtie2sam, novo2sam, blast2sam, psl2sam, ...)
- htslib je biblioteka za čitanje i pisanje gore spomenutih formata. samtools i bcftools temelje se na htslibu Svaki od glavnih alata i formata datoteka ima vlastite stranice priručnika (npr. man samtools ili man sam).
Verzije
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 1.17 | scientific/samtools/1.17 |
Dokumentacija
- Home page
- Priručnik
- Github
- Primjer preuzet sa: ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/SRA716/SRA716608/bam/P3TLH.bam
...