...

Quantum ESPRESSO je računalno-kemijska aplikacija koja je optimizirana za simulacije u fizici čvrstog stanja. Temelji se na teoriji funkcionala gustoće, a koristi se ravninskim valovima (engl. plane wave) koji se koriste za opisivanje ponašanja elektrona u čvrstom stanju.

Quantum ESPRESSO je aplikacija otvorenog koda, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP,kao i upotrebu grafičkih procesora. 

Verzije

Službena dokumentacija

• https://www.quantum-espresso.org/Doc/user_guide/

...

Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.

U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 8 MPI procesa, podijeljenih u 4 OpenMP threada.

#PBS -N run-gmxpw
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -j oe


MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/gromacsqe/20237.1-gnu

mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrunpw.x -pin on -v -deffnm mdi calcite.in

MPI

Ukoliko aplikaciju ne želite dijeliti aplikaciju u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.

...

#PBS -N run-gmxpw
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:ncpus=1
#PBS -j oe

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/gromacsqe/20237.1-gnu

mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrunpw.x -pin on -v -deffnm mdi calcite.in

OpenMP

Ukoliko aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.

...

#PBS -N run-gmxpw
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32
#PBS -j oe

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/gromacsqe/20237.1-gnu

gmxpw.x mdrun -pin on -v -deffnm mdi calcite.in