Image Added
Opis
Quantum ESPRESSO je računalno-kemijska aplikacija koja je optimizirana za simulacije u fizici čvrstog stanja.
Quantum ESPRESSO je aplikacija otvorenog koda, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP,kao i upotrebu grafičkih procesora.
Verzije
verzija | modul | paralelizacija | uključuje thermo_pw |
---|
|
|
|
|
|
|
|
|
Službena dokumentacija
Primjeri
Tip |
---|
Kad u zaglavlju PBS skripte definirate vrijednost varijable ncpus , u okolinu se automatski doprema ista vrijednost OMP_NUM_THREADS varijable. |
MPI + OpenMP
Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.
Tip |
---|
GROMACS preporuča između 2 i 8 threadova po MPI procesu. |
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 8 MPI procesa, podijeljenih u 4 OpenMP threada.
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | PBS skripta |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#PBS -N run-gmx
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -j oe
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2023-gnu
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
MPI
Ukoliko aplikaciju ne želite dijeliti aplikaciju u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 MPI procesa.
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | PBS skripta |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#PBS -N run-gmx
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:ncpus=1
#PBS -j oe
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2023-gnu
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
OpenMP
Ukoliko aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.
Tip |
---|
GROMACS će vrijednost OMP_NUM_THREADS dobiti po definiranju ncpus varijable u zaglavlju skripte. |
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | Bash skripta |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#PBS -N run-gmx
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32
#PBS -j oe
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2023-gnu
gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |