Općenito

g_mmpbsa programski je paket implementiran koristeći softvere GROMACS i APBS s načinom izvršavanja naredbi sličnim GROMACS-u. Funkcija mu je izračun komponentni slobodne Gibbsove energije vezanja koristeći MM-PBSA metodu (engl. molecular mechanics poisson-boltzmann surface area). Dekompozicija ukupne energije, odnosno entropijski i energetski doprinos svih rezidua ukupnoj energiji moguće je izračunati pomoću python skripti koje programski paket sadrži. Omogućuje odabir alternativnih atomskih radijusa i nekoliko različitih solvatacijskih modela. Ekstenzivno se koristi u istraživanjima biomolekulskih interakcija. Često predstavlja korak analize nakon izvođenja simulacija molekulske dinamike.

Verzija g_mmpbsaprogramskog paketa dostupna na računalnom klasteru Isabella kompajlirana je pomoću gcc/9 GNU prevoditelja, a omogućuje paralelno izvođenje te koristi OpenMP knjižnicekorištenjem OpenMP tehnologije.

Moduli

Moduli koji dopremaju g_mmpbsa u Vašu okolinu definirani su u tablici niže:

...

#!/bin/bash

#$ -N mmpbsa
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 4

module	 load 	g_mmpbsa/1.1.0

export 	OMP_NUM_THREADS=4${NSLOTS}

g_mmpbsa -f input.xtc -s input.tpr -n input.ndx -i input.mdp <arg>

...

#!/bin/bash

#$ -N mmpbsa
#$ -pe *mpisingle 4
#$ -cwd

module load g_mmpbsa/1.1.0

export OMP_NUM_THREADS=4${NSLOTS}

echo 1 13 | g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -i ../pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp

python MmPbSaStat.py -bs -nbs 2000 -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg

...