Uporaba sustava Merlin moguća je nakon prijave na web adresi merlin.srce.hr. Za prijavu je potreban elektronički identitet u sustavu AAI@EduHr.
Elektronički identitet u sustavu AAI@EduHr ima oblik: korisnicko.ime@ustanova.hr, kao npr. ttomic@srce.hr. Za dodjelu elektroničkih identiteta u sustavu AAI@EduHr zadužene su kontakt-osobe za otvaranje elektroničkih identiteta u pojedinoj ustanovi.
Osim putem elektroničkog identiteta u sustavu AAI@EduHr, na sustav Merlin je moguća prijava i putem eduGAIN-a. eduGAIN je globalna konfederacija autentikacijskih i autorizacijskih infrastruktura te omogućava prijavu u sustav Merlin studentima i nastavnicima čije su matične ustanove članice sustava eduGAIN. Sustav AAI@EduHr u potpunosti je povezan i usklađen s globalnim sustavom eduGAIN.
