Opis
HISAT2 je brz program za usklađivanje za mapiranje čitanja NGS (i DNK i RNK) na populaciju ljudskih genoma kao i na jedan referentni genom. Uz korištenje jednog globalnog GFM indeksa koji predstavlja populaciju ljudskih genoma, HISAT2 koristi veliki skup malih GFM indeksa koji zajedno pokrivaju cijeli genom. Ovi mali indeksi (koji se nazivaju lokalnim indeksima), u kombinaciji s nekoliko strategija poravnanja, omogućuju brzo i točno poravnanje čitanja sekvenciranja.
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 2.2.1 | scientific/HISAT2/2.2.1 |  |  |
Službena dokumentacija
Primjer korištenja
- Podaci za primjer: https://github.com/DaehwanKimLab/hisat2/tree/master/example
index.pbs
#!/bin/bash #PBS -N HISAT2-index #PBS -l select=1:ncpus=8:mem=10GB #PBS -q hpc-int cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/HISAT2/2.2.1 hisat2-build -p $NCPUS reference/22_20-21M.fa --snp reference/22_20-21M.snp 22_20-21M_snp
align.pbs
#!/bin/bash #PBS -N HISAT2-align #PBS -l select=1:ncpus=8:mem=10GB #PBS -q hpc-int cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/HISAT2/2.2.1 hisat2 -p $NCPUS -f -x index/22_20-21M_snp -U reads/reads_1.fa -S eg1.sam