Aplikacija i dokumentacija nalazi se na web stranicama Bionano Genomics.
Dostupne verzije:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 3.6.1 | bionano-solve/3.6.1 |
| 3.7 | bionano-solve/3.7_20221013_25 |
Primjer korištenja
Aplikacija se pokreće u Singularity kontejneru i potrebno je koristiti bionano wrapper nakon čega slijedi naredba. Popis narebi nalazi se u dokumentaciji na web stranicama Bionano Genomics.
Naredbe kojima je potrebna veća količina radne memorije koristite red vsmp.q, paralelna okoline vsmp. Prilikom pokretanja naredbi nije potrebno definirati opciju -C.
bionano_posao.sge
#!/bin/bash #$ -N bionano #$ -cwd module load bionano-solve/3.6.1 bionano perl /home/bionano/tools/pipeline/1.0/cohortQC/1.0/filter_SNR_dynamic.pl --help bionano /home/bionano/tools/pipeline/1.0/RefAligner/1.0/avx/RefAligner --help bionano python3.7 /home/bionano/tools/pipeline/1.0/Pipeline/1.0/align_bnx_to_cmap.py --help bionano perl /home/bionano/tools/pipeline/1.0/cohortQC/1.0/MQR.pl --help
qsub bionano_posao.sge