Opis

QCxMS je računalno-kemijska aplikacija koja omogućuje izračunavanje masenih spektara (MS) koristeći Born-Oppenheimer molekularnu dinamiku (MD).

Aplikaciju razvijaju inženjeri Grimme lab, poznati po aplikacijama xTB i CREST. Otvorenog je koda, a podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.

Verzije

Verzija	Uključuje xTB	Modul	Podrška	Paralelizacija	Supek	Padobran
5.2.1	6.5.1	scientific/qcxms/5.2.1	CPU	OpenMP

Službena dokumentacija

• https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/qcxms_doc/qcxms.html

Primjer QCxMS workflowa:

Workflow se sastoji od sljedećih segmenata:

1. Pokretanje qcxms izvršne datoteke prvi put: Posao je gotov kada se stvore izlazne datoteke trjM i qcxms.gs.
2. Pokretanje qcxms izvršne datoteke drugi put: Stvara se direktorij TMPQCMXS.
3. Pokretanje q-batch skripte (izvršne datoteke): Ova skripta automatski generira pod-poslove iz datoteka stvorenih u TMPQCMXS direktoriju.
   Tijekom računa: Moguće je pokrenuti skriptu getres (izvršnu datoteku) koja daje uvid u broj izvršenih runova.

Ova tri koraka moguće je sažeti i u jednoj PBS skripti:

#PBS -q cpu-single
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=2gb
#PBS -j oe

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load "scientific/qcxms/5.2.1"

qcxms && qcxms && q-batch