Beast 2

Opis

BEAST je višeplatformski program za Bayesovu analizu molekularnih sekvenci pomoću MCMC-a. U potpunosti je orijentiran na ukorijenjene, vremenski mjerene filogenije izvedene korištenjem strogih ili opuštenih modela molekularnog sata. Može se koristiti kao metoda rekonstrukcije filogenije, ali je i okvir za testiranje evolucijskih hipoteza bez uvjetovanja topologijom jednog stabla. BEAST koristi MCMC za prosjek prostora stabla, tako da je svako stablo ponderirano proporcionalno svojoj posteriornoj vjerojatnosti. Uključujemo program jednostavnog korisničkog sučelja za postavljanje standardnih analiza i niz programa za analizu rezultata.

Dostupne verzije

Verzija	Modul	Supek	Padobran
2.7.1(ORC v1.1.1, starbeast3 v1.1.3, BEASTLabs v2.0.0)	scientific/beast2/2.7.1-cpu
2.7.1(ORC v1.1.1, starbeast3 v1.1.3, BEASTLabs v2.0.0)	scientific/beast2/2.7.1-gpu

Službena dokumentacija

https://www.beast2.org/xml/

Datoteka za primjer: https://github.com/CompEvol/beast2/tree/master/examples

Primjeri

#!/bin/bash

#PBS -N beast-cpu
#PBS -l select=1:ncpus=16:mem=16GB
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/beast2/2.7.1-cpu

beast -beagle_CPU -beagle_SSE -threads $NCPUS  testESB.xml

#!/bin/bash

#PBS -N beast-gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:mem=10GB
#PBS -q gpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/beast2/2.7.1-gpu

beast -beagle_GPU testESB.xml