Opis

OpenMolcas je računalno-kemijska aplikacija temeljena na aplikaciji MOLCAS (Molecular Calculation System). Korisnicima omogućuje izvođenje/predviđanje elektronskih struktura molekula, energija, optičkih svojstava, reakcijskih mehanizama i drugog.

Aplikacija je otvorenog koda, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP.

Verzije

Verzija	Modul	Podrška	Paralelizacija	Prevodioc	Knjižnice	Supek	Padobran
23.06	scientific/openmolcas/23.06-gnu+mkl	CPU	MPI + OpenMP	GNU	Intel MKL

Službena dokumentacija

• OpenMolcas priručnik

Primjeri

CPU

MPI + OpenMP

Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.

U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, podijeljenih u 2 OpenMP threada.

#PBS -q cpu
#PBS -l select=2:ncpus=2
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/openmolcas/23.06-gnu+mkl

pymolcas --nprocs $(wc -l 0<${PBS_NODEFILE}) --nthreads ${OMP_NUM_THREADS} example.input

MPI

Ako aplikaciju ne želite dijeliti u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa.

#PBS -q cpu
#PBS -l select=4
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/openmolcas/23.06-gnu+mkl

pymolcas --nprocs $(wc -l 0<${PBS_NODEFILE}) example.input

OpenMP

Ako aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 4 OpenMP threada.

#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=4

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/openmolcas/23.06-gnu+mkl

pymolcas --nthreads ${OMP_NUM_THREADS} example.input