Opis

Pristup temeljen na dubokom učenju za predviđanje gena rezistencije na antibiotike (ARG) iz metagenoma. Nudi dva modela, deepARG-SS i deepARG-LS.

Dostupne verzije:

VerzijaModulSupekPadobran
1.0.4scientific/deeparg/1.0.4(error) (tick) 

Primjer korištenja:

  • Baza za deeparg je pod $DB varijablom
#!/bin/bash

#PBS -N deeparg-test
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=8GB
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/deeparg/1.0.4

deeparg.sh deeparg short_reads_pipeline --forward_pe_file test/F.fq.gz --reverse_pe_file test/R.fq.gz --output test/reads -d $DB --bowtie_16s_identity 100