Korištenje

Dostupne verzije i pripadajući moduli:

VerzijaModul
2.2.1bioinfo/bwa-mem2

Primjer skripte za opis poslova:

  • primjer je napravljen prema uputama sa stranice (bwa-mem2)
  • human_g1k_v37.fasta je preuzet
indeksiranje.sge
#!/bin/bash
#$ -N bwa-mem2_indeksiranje
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 2
#$ -l memory=40

module load bioinfo/bwa-mem2/2.2.1  

bwa-mem2 index human_g1k_v37.fasta

  •  Primjeri su preuzeti uz pomoć sra-tools


Upotreba u slučaju velikih podataka

Pri indeksiranju potrebne su velike količine RAM-a stoga se preporuča po izračunu 28GB * N(N je veličina datoteke koja se indeksira). Koristi se -l memory=(količina memorije). Zbog velike količine radne memorije poslovi indeksiranja se šalju isključivo na p20 ili 28.



bwa-mem2.sge
#!/bin/bash
#$ -N bwa-mem2
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 16

module load bioinfo/bwa-mem2/2.2.1

bwa-mem2 mem -t $NSLOTS human_g1k_v37.fasta human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d3_align.sam


Instalacija:

  • Compile je izveden sa intel/2020


Instalacija bwa-mem2
git clone --recursive https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2
cd bwa-mem2
module load intel/2020
make CC=cc CXX=icpc
  • No labels