Opis
BAGEL (engl. Brilliantly Advanced General Electronic-structure Library) je računalno-kemijska aplikacija za izračune elektronskih struktura.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodijeljenom memorijom te se može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
| Verzija | Modul | Prevodioc | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 22.06 * | scientific/bagel/22.06-intel | Intel (+ MKL) | CPU | MPI |  | |
scientific/bagel/22.06 | GNU | |
* https://github.com/qsimulate-open/bagel, master branch, commit 2955e4d (Jun 3, 2022)
Ne podržava Crayevu MPICH implementaciju već koristi Open MPI, na oba resursa.
Službena dokumentacija
Primjeri
MPI
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 8 MPI procesa.
Zbog nemogućnosti Open MPI-ja da iskoristi puni potencijal Slingshot mreže, preporučljivo je aplikaciju zadržati unutar granica jednog čvora, koristeći:
#PBS -l place=pack
Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:mem=1gb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/bagel/22.06-intel
mpiexec BAGEL input.json