Opis
BBTools je skup brzih, bioinformatičkih alata dizajniranih za analizu podataka sekvenci DNA i RNA. BBTools može rukovati uobičajenim formatima datoteka sekvenciranja kao što su fastq, fasta, sam, scarf, fasta+qual, komprimirani ili sirovi, s automatskim otkrivanjem kvalitetnog kodiranja i ispreplitanja. Napisan je u Javi i radi na bilo kojoj platformi koja podržava Javu, uključujući Linux, MacOS i Microsoft Windows i Linux; nema ovisnosti osim Jave (verzija 7 ili novija). Opisi programa i opcije prikazani su kada se skripte izvode bez parametara.
Verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 39.06 | scientific/bbtools/39.06 |  |  |
Službena dokumentacija
Primjer
- Popis alata: https://github.com/BioInfoTools/BBMap/blob/master/docs/TableOfContents.txt
- Popis referentnih datoteka pod $REF varijablom: https://github.com/BioInfoTools/BBMap/tree/master/resources
bbduk.pbs
#!/bin/bash #PBS -N bbtools-map #PBS -l select=1:ncpus=12:mem=20GB #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/bbtools/39.06 bbduk.sh -Xmx20g in=AB_adapt_filtered.fsa out=cleaned.fa ref=$REF/adapters.fa --threads=$NCPUS