Opis

PRANK je probabilistički program višestrukog usklađivanja za DNA, kodone i sekvence aminokiselina. Temelji se na novom algoritmu koji ispravno tretira umetanja i izbjegava pretjeranu procjenu broja događaja brisanja. Osim toga, PRANK posuđuje ideje iz metoda maksimalne vjerojatnosti koje se koriste u filogenetici i ispravno uzima u obzir evolucijske udaljenosti između sekvenci. Na kraju, PRANK omogućuje definiranje potencijalne strukture za sekvence koje treba poravnati, a zatim, istovremeno s poravnanjem, predviđa položaje strukturnih jedinica u sekvencama.


Verzije

VerzijaModulSupekPadobran
1.70427scientific/prank/1.70427(error)
 		(tick)
 


Službena dokumentacija

Primjer

  • Program koristi jednu dretvu
  • Potrebno je više RAM-a odabrati
  • Potrebno je napraviti export TMPDIR zbog privremenih podataka
prank-example.pbs
#!/bin/bash                                                                                                                   
                                                                                                                              
#PBS -N prank-example                                                                                                         
#PBS -q cpu                                                                                                                   
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB                                                                                             
                                                                                                                              
cd $PBS_O_WORKDIR                                                                                                           
                                                                                                                              
module load scientific/prank/1.70427                                                                                          
                                                                                                                              
export TMPDIR=$PBS_O_WORKDIR                                                                                                           
                                                                                                                              
prank.sh prank input.fasta