Opis
PRANK je probabilistički program višestrukog usklađivanja za DNA, kodone i sekvence aminokiselina. Temelji se na novom algoritmu koji ispravno tretira umetanja i izbjegava pretjeranu procjenu broja događaja brisanja. Osim toga, PRANK posuđuje ideje iz metoda maksimalne vjerojatnosti koje se koriste u filogenetici i ispravno uzima u obzir evolucijske udaljenosti između sekvenci. Na kraju, PRANK omogućuje definiranje potencijalne strukture za sekvence koje treba poravnati, a zatim, istovremeno s poravnanjem, predviđa položaje strukturnih jedinica u sekvencama.
Verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 1.70427 | scientific/prank/1.70427 |  |  |
Službena dokumentacija
Primjer
- Program koristi jednu dretvu
- Potrebno je više RAM-a odabrati
- Potrebno je napraviti export TMPDIR zbog privremenih podataka
prank-example.pbs
#!/bin/bash
#PBS -N prank-example
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/prank/1.70427
export TMPDIR=$PBS_O_WORKDIR
prank.sh prank input.fasta