Korištenje
Dostupne verzije su:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 1.2.2 | bagel/1.2.2 |
| 2022.06.03 * | bagel/2022.06.03 |
* https://github.com/qsimulate-open/bagel, master branch, commit 2955e4d (Jun 3, 2022)
Primjer skripte za opis poslova:
#$ -N bagel-parallel #$ -q p28.q #$ -pe *mpi 14 #$ -cwd # load program environment module load bagel/1.2.2 mpirun -machinefile $TMPDIR/machines -genvall \ -genv MV2_ENABLE_AFFINITY 0 \ -genv MKL_NUM_THREADS 1 \ -np $NSLOTS BAGEL $1
qsub bagel-parallel.sge input_datoteka.json
Važno
Aplikacija bagel se može širiti hibridno MPI procesima i MKL threadovima gdje svaki MPI proces može pokrenuti nekoliko MKL threadova. To znači da se vrijednosti parametara MKL_NUM_THREADS te -np (number of processes) mogu varirati, samo u tom slučaju je potrebno paziti da je njihov umnožak jednak broju zatraženih CPU slotova/jezgara.
Instalacija
Preduvjet za instalaciju aplikacije bagel jeste instalirana biblioteka boost. Biblioteka je instalirana u verziji 1.70 te je kompajlirana kompajlerom GCC-7.3.1 i MPI implementacijom mvapich-2.3. Kompajler gcc u verziji 7.3.1 je na klaster Isabella instaliran iz Software Collections repozitorija dodatnih paketa sustava CentOS 7. Tijek instalacije:
wget -c https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.70.0/source/boost_1_70_0.tar.bz2 tar -xjf tar -xjf boost_1_70_0.tar.bz2 && cd boost_1_70_0 module load mpi/mvapich23-x86_64 scl enable devtoolset-7 './bootstrap.sh --with-toolset=gcc --prefix=/apps/boost/1.70/avx2'
U datoteku project-config.jam, na kraj je potrebno dodati:
using mpi ;
scl enable devtoolset-7 './b2 -j8 -a' scl enable devtoolset-7 './b2 install'
module load mpi/mvapich23-x86_64 module load intel/2019 scl enable devtoolset-7 './configure --enable-mkl --with-boost=/apps/boost/1.70/avx2/ --with-mpi=mvapich --enable-smith --prefix=/apps/bagel/1.2.2/avx2/' scl enable devtoolset-7 'make -j2' scl enable devtoolset-7 'make install'