HYPHY

Opis

HyPhy (Testiranje hipoteza pomoću filogenije) softverski je paket otvorenog koda za analizu genetskih sekvenci (osobito zaključivanje prirodne selekcije) korištenjem tehnika filogenetike, molekularne evolucije i strojnog učenja. Sadrži bogat skriptni jezik za neograničenu prilagodbu analiza. Dodatno, HyPhy ima podršku za paralelna računalna okruženja (putem sučelja za prosljeđivanje poruka).

Dostupne verzije

Verzija	Modul	Supek	Padobran
2.5.62	scientific/hyphy/2.5.62

Dokumentacija

• https://hyphy.org/about/
• https://github.com/veg/hyphy
• Benchmarks: https://observablehq.com/@stevenweaver/hyphy-benchmarks-and-profiling

Primjer korištenja

• Primjer: https://github.com/veg/hyphy/tree/master/tests/data

#!/bin/bash

#PBS -N hyphy-meme
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=10:mem=20GB

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/hyphy/2.5.62

hyphy CPU=$NCPUS meme --alignment data/adh.nex --code Universal --output out/adh.MEME.json

• Ovisno o tome koji se alat unutar hyphy-a koristi, potrebno je procijeniti broj cpu-ova za optimalno izvođenje. Neki od primjera su niže navedeni.